Junto a Paco Jémez, el técnico madrileño es el entrenador que más veces ha dirigido al Rayo Vallecano de forma consecutiva (casi cuatro temporadas). De 2006 a 2010, Pepe Mel tuvo el difícil desafió de coger a la entidad franjirroja en la extinta Segunda B, en una de sus etapas más críticas en este siglo. En su primer año, fichó a Piti, procedente del Hércules, que sería importante en tiempos posteriores. Tras quedar subcampeón de grupo, el Rayo cayó en el playoff final ante el Eibar. En una tarde dramática en Ipurúa, muchos se acordarán de aquella ocasión fallada por Diego Torres que hubiera supuesto prácticamente el retorno a la categoría de plata. En la 2007/2008, Pepe Mel supo aprovechar la veteranía de elementos como Míchel, Pachón o Juan José Collantes para carrilear un grupo donde no pasó mayores problemas. Al vencer a Benidorm y Zamora, los de Vallecas volvían a Segunda.
En su vuelta a la categoría de plata, Pepe Mel sigue optando por la veteranía en cuanto a materia de refuerzos. David Cobeño y David Aganzo, procedentes de la UD Almería y del Deportivo Alavés, respectivamente, refuerzan al Rayo. Unos fichajes que se notaron, ya que el actual director deportivo fue el Zamora y el presidente de la AFE fue el máximo goleador del conjunto rayista. Un punto de inflexión, ya que se consiguió el quinto puesto. El objetivo para la 2009/2010 fue el ascenso, pero una mala racha de resultados acabó fulminando a un Pepe Mel que, para muchos, sentó las bases del Rayo que ascendió con José Ramón Sandoval.
Posteriormente, ha tenido ofertas para retornar al cuadro franjirrojo, pero su gran impacto en el Real Betis le provocó que quisiera probar aventuras como la Premier League o salvar a un histórico como al Deportivo de la Coruña en la Liga, aunque luego la historia no acabó de la mejor manera, a pesar de que nunca ocupó posiciones rojas en la tabla de manera continuada. El domingo, volverá a Vallecas, donde será otro reencuentro especial.
Para Pepe Mel, es importante acabar bien este tramo final. La UD Almería, con una gran cantera por delante, tiene a un entrenador que supo sacar el talento joven verdiblanco de la última década. Un aspecto que se puede ver en la actual UDLP de García Pimienta. Ganar es lo que importa, pero quizás el conjunto indálico tiene a un técnico experimentado en sus manos que puede cambiar la historia de un club que no consigue asentarse en la Primera División de forma continuada.